Drtivá většina institucí používá RadSec, což je v podstatě běžné TLS spojení. Protokol je implementován v FreeRADIUSu a nebo v radsecproxy, to druhé je použitelné i jako proxy před MS NPS.

Pokud má instituce na MS NPS veřejnou adresu může použít IPsec. Není možné terminovat IPsec na hraničním prvku instituce, používáme transportní režim.